La religion largement prédominante est le christianisme, en particulier la confession catholique romaine, avec près de 93 % de la population s'en réclamant ou étant recensés comme catholiques. Ces chiffres reposent
notamment sur la proportion de baptêmes catholiques et ne reflètent pas nécessairement le nombre de croyants. Les 7 % restant sont majoritairement affiliés à des mouvements protestants, essentiellement les courants évangélistes des États-Unis, pentecôtistes ou néopentecôtistes, ainsi que, pour une part plus réduite de la population, les Églises chrétiennes historiques non catholiques (presbytérianisme, églises épiscopaliennes, anglicanisme, baptisme, mennonitisme, méthodisme).
L'église évangélique regroupant le plus grand nombre de fidèles est l'Église pentecôtiste unie de Colombie (Iglesia Pentecostal Unida de Colombia), avec plus de 3 000 congrégations et une présence dans tous les départements du pays. Les religions monothéistes non chrétiennes sont faiblement représentées.
Dans les communautés indigènes et afro-américaines, se revendiquant généralement du catholicisme, on trouve de façon très isolée des pratiques syncrétiques entre christianisme et traditions ancestrales.