L'île ressemble à une immense muraille qui surgit de l'océan ; des contreforts de plusieurs centaines de mètres de haut se dressent au-dessus de l'Atlantique ; il en résulte de multiples microclimats.
La côte est sauvage, verdoyante, abrupte et taillée de profondes vallées. Au niveau de la mer, le soleil y joue parfois à cache-cache avec les nuages, créant de superbes jeux de lumière. Jusqu'à environ 700 mètres d'altitude, le climat est favorable à de nombreuses cultures. Toujours en versant nord, mais en moyenne montagne, les nuages ont tendance à s'accumuler sur une tranche d'altitude comprise généralement entre 800 et 1200 mètres ; c'est l'endroit le plus pluvieux de Madère. Des forêts luxuriantes, Laurisylva (relique de l'époque tertiaire constituée d'une multitude de plantes spécifiques à Madère), tapissent cet étage, ainsi que des bruyères arborescentes. C'est dans ces forêts, qui sont un véritable réservoir naturel d'eau, que prend source la plupart des levadas.
En hiver, à partir de cette altitude, la température est occasionnellement froide. Au-dessus, les sommets volcaniques dominent la mer de nuage ou l'océan. Le climat est plus sec, mais parfois frais (froid en hiver), car nous sommes à près de 2000 mètres d'altitude ; le point culminant est le Pico Ruivo à 1869 m. Les plus hauts pics sont couverts de neige durant quelques jours d'hiver, mais elle n'y reste jamais longtemps.
Le versant sud est plus clément, devenant tropical à mesure que l'on perd de l'altitude, parfois aride. On trouve des petits villages côtiers tranquilles sur la partie sud-ouest, tandis que le sud-est est plus urbanisé. Certaines années à Funchal, les précipitations peuvent être quasiment nulles, tandis que certaines zones de la côte nord peuvent enregistrer un cumul de précipitations de 2000 mm d'eau ! Grâce au Gulf Stream, le climat global a la réputation d'être particulièrement clément, et les températures annuelles à Funchal oscillent entre 18 et 26 °C. L'eau de l'océan est aussi comprise entre 18 et 25°C. En fonction de l'altitude et de l'exposition, il y a donc de multiples microclimats, permettant ainsi à une végétation très diversifiée d'exister.
« À Madère, tout pousse ! » : Acajou, Laurier, Bruyères, Fougères arborescentes, Arbre à Muguet, Épicéas, Châtaigner, Eucalyptus... et bien sûr, toutes les plantes ornementales ou agricoles : bananiers, canne à sucre, papayers, passiflore, vigne, patate douce, igname, pommiers, orchidées, hibiscus, oiseaux du paradis, jacarandas... Le « Jardin de l'Atlantique » regroupe la flore de tous les continents !