Le réchauffement climatique menace l'ensemble des habitats écossais. Parmi les oiseaux, le lagopède alpin, le pluvier et le bruant des neiges risquent d'être particulièrement affectés car ils vivent à haute altitude et ils pourraient être menacés par d'autres espèces qui apprécient les températures plus chaudes et qui pourraient entrer en compétition avec eux si leur habitat se modifiait.
Les mammifères et autres vertébrés pourraient mieux s'en sortir, mais certaines populations d'invertébrés sont localement menacées.
La vie aquatique est bien sûr elle aussi affectée. Les espèces de planctons, qui préfèrent les eaux froides, déclinent, ce qui remet en cause l'ensemble de la chaîne alimentaire dont elles forment souvent la base, et dont dépendent les oiseaux de mer.
Au large des côtes, la surpêche menace également la biodiversité marine.
Par ailleurs, certaines méthodes de pêche dégradent fortement les écosystèmes marins, comme les filets qui raclent le fond des mers.
Suivant une étude récente, « la vie marine écossaise pourrait être presque anéantie en 50 ans si des mesures strictes ne sont pas prises pour réguler la manière avec laquelle les hommes exploitent les mers ».